1945年4月，学校按教育部颁发之学生自治会规则，制定了国立山西大学《自治会纲领》、《自治会公约暨纪律》、《自治会办事细则》，并正式成立了国立山西大学学生自治会，通过了制定的纲领等，选出王涛、郭磊、滑润身、员守敦、赵上军、柴作梓、谢益棠、杜真、傅春生、王维钰、孙若吾、高作仁、田树兰、杨宏仪等为理事，郭卫星、李邓郁、秦光瑜、王定文、王龄皋为候补理事。徐土瑚代校长，希望大家将自治会办成像英国大学学生会那样的团体，提高学生学习研究精神、培植行政领袖人才。自治会下设学艺部、学术部、健康部、风纪部、事务部、服务生产劳动组、社会服务组、学会服务组，王涛、柴作梓、杜真为常务理。

1946年3月，学校从陕西韩城迁回太原侯家巷。6月，王怀明因就任山西省参议会议长，即辞去校长一职，教育部任命徐士瑚为国立山西大学校长。徐校长即往南京与教育部交涉有关事宜，教育部同意为山大拨修建费3亿元，医学专修科改为医学院，由救济总署、卫生署、教育部捐助山大一批器械药品、图书仪器等。

 学校的行政机构设置：校长办、教务处 (注册组、出版组、图书馆、仪器室)、训导处 (生活管理组、课外活动组、体育卫生组)、总务处 (文书组、庶务组、出纳组、会计室、工学院实习工厂)， 附设实验小学、医学院附设实习医院。人事调整为：教务长严开元 (注册组代理主任徐壮图、出版组代主任牛存善、图书馆主任杨维汉、仪器室主任曹养斌)、训导处训导长薛耀庭 (杜任之辞职后，薛耀庭接任；薛辞职，由张瑜接任)。生活管理主任兼军训主任教官杨家藩、课外活动组主任徐世模、体育卫生组主任朱世才、总务长潘恩溥 (文书组主任朱宝芳、庶务组主任王继业、出纳组主任刘斐章、会计室主任师元恺，会计室主任1947年后由徐秀溪接任)。各院系人事与正副教授为：文学院院长钟作猷，外文学系主任朱启寰与代理主任李贯英、历史学系主任阎宗临与代理主任陈超、教育学系主任赵青誉，正副教授有田涧霖、郝树侯、杨维汉、李毓珍、李万杰、张秉仁、李相显、俞静安、班书阁、王葵经、张元恺、李荆州；法学院院长杜任之、法律学系主任徐光达、政治经济学系主任季陶达，正副教授有潘恩溥、张克昌、张秉铖、郭华、毛源、张养田、成恒长、王竹咸、王文光、侯锦绂、薛耀庭、王绍成；工学院院长王之轩与代理院长何泽宝、机电工程学系主任何泽宝、土木工程学系主任刘锡光，正副教授严开元、史景苏、郭丕文、房耀文、张静山、郑文华、申祖训、刘光宸、葛耀良、田种德、田玉珍、王正卿；医学院院长张效宗，正副教授杨欣源、马秉惠、温忠礼、王恩注、邢玉亭、王炳皋、吴祥凤、鹿鸿逵、刘治汉、贺维彦、郭进才、史克宪、郭时中、李栖鶧、周志仁。

为提高青年教师业务水平，1947年1月派文学院历史系助教张华，法学院法律系助教李文泰，经济系助教粱晋都、柴作梓去北京大学进修；工学院助教徐璞、张敦到清华大学进修；8月，又派医学院讲师张瑞之，助教郑国安、吴楚英和张虓到沈阳医学院进修，派医师金履和去北京大学附属医院病理科进修；本年底，机电系主任郑文华奉教育部令赴美国、加拿大考察研究一年。1948年，派工学院助教谢益棠、王维钰去清华大学进修，英文助教陈汝淦去北京大学进修。1947年底，运动场、办公室6间整修完毕、附属医院新房也竣工并开始对外门诊。

返回太原后，由校务委员会重新修正制定并通过了国立山西大学《组织大纲》、《学生学则》等24种规章制度和各院系必修选修科目表及其实施要点。1947年5月 1 日正式创刊了学术刊物《山大学报》。原先在虎啸沟成立的20余个学术与文娱活动团体又开始恢复活动，聘名教授及外籍人士作学术报告，节日组织文娱演出，壁报恢复出刊。运动场与田赛场、径赛场、垒球场、篮球场、网球场、乒乓球台，配备有各种体育运动群材。学校组织了篮球、排球队，各院系间也有相应的球队，经常进行校际、院际球赛。徐士瑚校长在省内与教育部呼吁力争扩大办学规模，恢复抗战前山大办学水平，并不断争取经费与购买仪器与图书，努力提高教职员待遇。徐校长多次在教职工会议上强调，要加强科学研究，努力提高学生学习程度，实行严教严考，争取在教育部组织的高等考试与留学考试方面取得好的成绩。回到太原后的各院系学生课余或自习时间，踊跃到图书馆里、阅览室里、演算、阅读、抄录；学习空气甚为高涨。

1946年返回太原后，山大的师生利用《复兴日报》、《民众日报》提供的篇幅，主持副刊栏目，撰写文章，提高学习与科研水平。法学院杜任之主办的《学习》、《大时代》、《法治》，薛耀庭主办的《经济》、文学院历史系李吉麟等主办的《文史》、医学院医学会主办的《医学从刊》均办得颇有特色。1947年初，由教育学系学生马作楫等主办的《绿洲》文学副刊，刊头是由历史学系高接的弟弟，即一个七岁的小孩写的，看去非常幼稚，似有一种春天的种子刚刚萌芽的感觉，在国民党统治的时代里，山大进步师生在校内外办的刊物正像《绿洲》一样，给人们一种清新的自由的空气。

山西大学三原复校后，阎锡山的同志会执行部曾委派徐世漠为山西大学特派员。1942年迁秋林，同志会任命徐士瑚为校分会主任特派员，徐辞不就，薛耀庭为副主任特派员。1943年8月，阎锡山又委同志会基干辜仁声为特派员兼训导处军事管理组主任，同时选送同志会基干多人考入山大，负责开展学生中同志会工作。1944年8月，又派杜任之到校任训导长和同志会分会副主任特派员。迁返太原后，国民党省党部书记长胡作砺与三青团干事长郭澄向徐士瑚提出在山大建立国民党区党部与三青团分团部，并由其兼两组织主任委员，徐坚持不就，乃由张瑜任区党部主任委员，薛耀庭任分团部主任委员。1946年暑假期间，杜任之辞训导长和同志会副主任特派员职务，任法学院院长，同志会校分会改为领导组，由薛耀庭等负责。国民党、三青团与同志会在校内为扩大势力，在学生自治会改选时争夺席位，并通过壁报宣传自己的观点。三青团山大分团部，在1946年暑期，还组织学生团员代表教人去庐山参加青年夏令营，有的还去牯岭参加了三青团第二次全国代表大会与北平颐和园夏令营。

 随着国民党反动派发动内战，整个中国又被投入一场灾难的深渊，国统区人民和各校师生反内战、反迫害、反饥饿的斗争运动，风起云涌，争取民主自由之风也吹进了由阎锡山集团统治的太原，吹进了山西大学校园。返回太原后，徐士瑚聘请因在西北大学支持学生运动而被解聘的李毓珍、徐褐夫、季陶达、王文光等一批进步教授；徐会云于1946年3月，返回太原，负责党的地下工作，8月，被聘为山大讲师，为一年级讲授国文。1947年9月，曾在北平地下党城工部学委会领导下进行革命活动的李书麟，也辞去了平定中学的教师职务，接受地下党的委派，至太原考入山大，投入到了组织学校师生进行各种进步活动的行列中。