1949年1月31日，北平和平解放，迁往北平的山西大学也获得了新生。2月3日，中国人民解放军举行了入城式，全校师生列队到前门大街欢迎解放军。他们扭着秧歌，唱着“解放区的天是明朗的天"参加了群众游行，庆祝北平解放。山西大学又派学生100余人上街宣传，在城外解放军驻地慰问并举行联欢活动，同时要求北平军事管制委员会对学校进行接管。2月5日，徐士瑚校长参加了由军管会文教委员会主任钱俊瑞、教育部部长张宗麟、副市长徐冰主持的在平各国立院校茶话会。会上，钱主任指出：新民主主义的教育方针是反帝反封建反官僚资本主义，即以人民利益为根本的方针，要求各院校立即停止国民党、三青团等反动党团的特务活动，收交武器、保管好公物档案准备接管，在目前平津食粮由人民用笨重劳力运输困难的情况下，军管会将提供给各校临时救济，每人每天24两小米，自备口袋装运。2月14日，学校开学，召开了全校庆祝北平和平解放大会。

2月22日，北平军管会文教接管委员会派华北人民政府教育部部长张宗麟与联络员苏哲、文安、韩放来校举行仪式正式接管，向师生讲解了新民主主义的教育方针与党的政策，宣布撤消反动的政治训导处，停止国民党、三青团、同志会反动党团活动，人员全部留用，并按师生员工家属人数发放了小米、高粱米，安定了人心，稳定了学校秩序。2月24日，山西大学地下党员李书麟、 乔荣智、李全希、卜士芬参加了北京市地下党员大会,听取了叶剑英、彭真同志的重要讲话。回校后，与山西大学民先支部共同组织师生学习《新民主主义论》、《论联合政府》、《将革命进行到底》等毛泽东著作，并举办报告会、讨论会，用革命理论对师生员工进行思想教育。学校派季陶达教授去参加清华校制课程改革会议。根据会议精神，徐士瑚校长宣布教育部改革课程方案：取消党义等反动课程，保留实用课程（文学、银行货币等），理工农医课程的理论与实践必须配合一致。学校正式上课后，学生们开始了新的学习热潮，上午学习马列与毛泽东著作，下午扭秧歌、开讨论会，民先队员与新民主主义青年团员胳膊上都佩戴红袖章，在校园里维持秩序和向师生们进行革命宣传，虽然吃着杂粮，同学们高兴的心情却无法形容。3月初，新成立的山大临时学生会组织文法工医四院同学举行了欢迎马华同学回校大会，在《没有共产党就没有新中国》的歌声中，马华看着老师和同学与花花绿绿的标语流下了眼泪，因为这里再也不会看到凌辱师生的反动分子了。

4月9日，中共华北局负责人接见了山大地下党员与民先支 部负责人李书麟以及一些师生代表，询问山大师生教学、学习、生 活、思想情况，希望大家学习党的方针政策，安心上课。5月3日 下午，山大在平全体民先队员40余人在东长安街中共北平市青年 工作委员会办公处集合，集体转为新民主主义青年团，山西大学团支部成立，李全希为支部书记。同日晚，北平东交民巷文、法两院学生临时驻地山大地下党小组秘密举行新党员入党宣誓仪式，新党员有王若、李彦清、牛晔等同志，党员李书麟、李全希、 乔荣智等同志参加了仪式，山大地下党临时党支部成立，有党员 8人,李书麟为书记。

根据北平军管会的命令，学校在前由山大代管的流平高中毕业生中招收了 100人入山大先修班，80名公费，20名自费。

鉴于太原4月24日解放，北平军管会与教育部指示，立即将北平的山西大学迁回太原。以联络员苏哲为组长，由助教王承启、谢益棠与学生李全希、高明远等组成先遣组至太原联系。山西大学在北平的学生，除毕业班学生131人提前毕业分配工作和其他年级一些同学，为响应党的号召，根据革命工作需要与个人自愿，如高波、郭福康等参加了北平的革命与建设，卜士芬、王耀章、郝玉凤、史秀英、王秀珍等参加了中国人民解放军南下工作团，王天麻、刘锦媛去太行军区，兰基高、李承靖、卓存仁参加了太原工作团，还有的去华北人民革命大学、西北军政大学等继续学习外，其余师生员工眷属670余人分别于5月3日、5月13日两批离平，乘火车绕经天津、德州至石家庄，再乘正定至太原火车返并。5月15日，在平师生全部回到太原与留守太原人员会合，并迅速准备复课。中共太原市委文教局局长武汝扬同志以太原军管 会联络员名义到山西大学工作，从此，山西大学开始了她新的历 史阶段，走上了健康发展的道路。

4月24日太原解放后，山西大学全体留并人员立即清点了校产物资、清査了档案，配合军管会完成了接管。校址在战争期间被作为军火工厂，房物器具损坏严重。面对残破情况，由徐士瑚、 严开元主持的校务委员会采取了一些措施，先后组成了房舍工程维修委员会、教职员宿舍分配委员会、教职员工薪评议委员会、学生宿舍分配委员会、人民助学金评定委员会，对教师员生的住所、教学场所进行维修分配，对教师薪给、学生助学金按军管会规定标准给以评定发放，并组成了新的学生管理规则起草委员会，通过了《大规模清洁运动以搞好公共卫生与防止疫案》的倡议，初步稳定了师生情绪与清理了学校卫生环境。6月2日，正式恢复上课。回到太原的山大学生在党团组织带领下组成服务队、文艺宣传队、工作队，以歌咏、话剧、秧歌、板话、壁报、漫画、街头讲演、个别访问等形式，协助军管会宣传党的政策方针、政府法令制度，并在学校里举办了大规模的中等以上学校师生大联欢活动，参加了筹建太原学联工作，赵钟奇同志被选为主任委员。此时，学校有教师74人，职员58人，工友60人，附属医院医护人员69人，大学一年级100人，二年级139人，三年级116人，共 616人，在校学生355人。大学四年级与医学专修科五年级、护士 班共131人已于返并前提前毕业。

太原市军管会根据“完整接管，迅速复课”的方针与“教职 员一般留用，军训政训人员一般不留用，非有重大问题不轻易变 动”的原则，对山西大学旧有人员中旧军训、政训人员进行了清 除，彻底取缔学校里的国民党、三青团、同志会等反动组织，并将一些不适合在教育系统工作的人员派往一些学校去进行政治思想教育与学习，以便另行安排工作。

6月22日，徐士瑚校长经华北高教委员会批准辞职，高教委员会委托太原军管会以协商的方式成立山西大学校务委员会，为学校最高领导机关，处理新校长任命之前的一切事务。经协商，军管会决定临时校务委员会委员为：张克昌、刘锡光、李贯英、郑 文华、黄丽泉、史景苏、张静山、严开元、郭濯岸、李相显、梁晋都、王承启、职员刘廷敏、学生牛晔、王懿章等，指定思想进步的法学院教授张克昌为主任委员、土木工程系主任刘锡光与外语系主任李贯英为副主任委员，教育系主任黄丽泉为秘书长，从即日召开了第一次校务会议并开始工作。

临时校务委员会成立至9月22日办理移交，这一过渡时期即告结束。这一时期，成立了建筑委员会（刘锡光负责）、行政委员会（梁晋都负责）、节约委员会（张克昌负责）、教职员聘任委员会（张克昌负责），并修正通过了《校务委员会简章（草案）》、 《工学院实习工厂简章》、《医学院组织大纲》。此间还呈请教育部将华北公立的焦作工学院并入山大，教育部同意成立农学院，学 校派人去接收了太谷原铭贤旧址及农场，并与原省立农专校长李红联系商办农学院事宜，请求军管会拨给工学院火车头一辆，并对新聘教职员之工薪进行了初步评定。

9月4日，在太原市庆祝山西省委、省政府、省军区成立大会上，校务委员会副主委刘锡光代表山西大学发言，表示“要在省委省政府领导下，为完成我们的建设任务而努力，我们要团结一致，帮助我们的政府，支援我们的军队，坚决和全世界为和平民主而奋斗的人民站在一起，共同为彻底消灭我们的敌人而奋斗，为建设人民民主幸福的新中国而努力”。

国家十分重视对山西大学的改造，在第一批公布的任命知名 人士担任公立大学校长名单中，即有山西大学。9月8日，华北人民政府任命著名社会科学家邓初民先生为国立山西大学校长。13日，由华北人民政府高等教育委员会正式下达委任令。同时任命解放前长期做党的地下工作、时任山西省文教厅厅长的赵宗复为山西大学副校长。