1939年6月，在重庆工作的原山大工学院教授王宪、常克勋等向国民政府行政院院长孔祥熙提议恢复山大，得到同意。在第二战区的阎锡山得悉，恐山大若由国民政府恢复，不能为其控制，便令山西省政府商议讨论此事。省政府于7月 20 日在《阵中日报》刊登了复校通告，指出：“查山西大学业经本府决定恢复上课，工、农两专学校，亦暂并入该大学办理，除开设院系按需要统筹调整外，希该校教职员，速将本人简历、原任职务或科目及现在通讯地址函报本府。”在西北联大任教的原山大文学院英文系主任徐士瑚，即北上秋林与阎锡山、赵载文商议复校事，山西省政府拔15000元作为开办经费交徐士瑚。徐聘任了教职员，并在陕西西安、城固两地招生100人。迫于前方军事形势，徐率师生至三原，并在陕西教育厅长王接三帮助下租到原三原女子中学校舍28间，作为校部办公、文法学院学生上课食宿之所，又租山西街一货栈作为工学院学生食宿之所。12月初，山西省政府下达了山大编制人事：阎锡山兼校长，冯纶任校务主任，校务下设教务、训育、总务、文书、会计诸课，山西省立工农两专归并山大，徐士瑚为英文系主任。徐士瑚赴秋林，面见阎锡山，要求山大编制人事应按国民政府《大学组织法》、《大学规程》及有关高等教育补充规定办理，并提交重组山大和开办文法工三院的意见报告，经省教育厅在研究后批准实行。1939年行政与院系编制如下，校长副校长，校务委员会与系务委员会，工学院 (院长)、法学院 (院长)、文学院 (院长)、训导处 (训导长)、教务处 (教务长)、总务处 (总务长)，工学院设机电、土木系，法学院设法律、政治经济系，文学院设英文、历史系，训导处设军事管理组 (即生活管理组)、课外活动组、体育卫生组，教务处设注册组、出版组、图书馆，总务处设庶务、文书、会计组。阎锡山兼校长，冯纶副校长，徐士瑚教务长，王友兰总务长，杨维汉秘书。聘法律系教授杨峻山、机械系教授康硕庵、英文系教授朱君哲、化学系副教授郝逢秀、国文副教授薄坚石、体育部主任郭运卿、数学副教授郭丕文、农科教授赵仁甫、物理副教授郑文华、社会学教授王燕生、物理助教薄兰萃、法律助教窦之锦、历史系副教授陈超、政治经济系副教授邢润雨、政治系兼任教授章熊、统计学兼任教授王含英，教务员杜上华、图书管理员艾润山、职员渠鸿业与渠鸿绪。

学校课程按教育部规定的必修课、选修课根据具体情况酌量开设。讲课内容，徐士瑚主张教师自由讲学，不加干涉；教学仪从山西省建设厅借到经纬仪与测量仪，做化学实验暂用三原中学化验室，物理实验则须学生到很远的第二战区各工厂去做；学生待遇经教育部核准按国立大学流亡学生待遇，伙食、教本、讲义由学校免费提供，从二战区兵站每人领到冬夏军衣与军大衣各一件。教师待遇接教育部规定办理，废除各学院原设之教务长，并将原各院长、教务长、系主任月支办公费的旧办法一并废除。

12月23 日，学校正式开始上课。

1940年3月，山西省私立川至医专奉省政府令迁三原城北鲁桥镇，并入山大为医学专修科。时有学生60人，第十一班17人，第十二班27人，第十三班16人；另设普通科，招初中生54人，分两班。王炳皋教授为主任，新聘教师白瑞庭 (耳鼻咽喉学)、陈航慈 (微生物)、武尽伟 (解剖学)等。

1940年5月，山西大学有学生160余人，女生十分之一，从一年级至四年级都有，但有个别班因不到10人，故按省政府令未开课。上课后，因在战区，且学生多在抗战中工作服务过，深知这环境的来之不易，故多刻苦向学。教室和宿舍都是民房，大的教室可容纳五六十人，小的仅能容纳十来人，斗室讲学，颇有绛帐遗风。来自陕南的学生，因久与来自沦陷区与平津同学相处，渐习于欧化，仅能从服装上有所区别，对于京剧也产生了兴趣。当二战区文抗实验剧团和歌咏队以及西安的夏声剧团在三原附近的村庄公演时，学生们在紧张的考试中也挤出时间集体组织去观赏；春假的日子里，有些同学则去华山旅游。6月间，编级生不满10人末开课的一些班次与校方产生争执，竟然殴打徐教务长与部分行政人员。山西省政府在事后让学生给被打教职员进行了道歉，并发给这些学生转学证与旅费令其离校，并宣布副校长冯纶调回二战区，徐士瑚为校务主任兼教务长主持校务。8月，招生100名，并聘王之轩为工学院院长，齐植朵、杨若遇数理化副教授，杨大金土木系主任，李方辰历史系副教授，王含英统计学副教授，章熊政治学兼任教授，周传儒文学院院长兼训导长。至11月，文法工三院共开办8个班。山西省政府决定将山西科学馆的仪器运来供学校使用。这批仪器是同蒲铁路测量时所用的全部仪器，教育部与西南联大曾商购与借用，山西省政府固未应允，如今听到这个消息，工学院的同学极为高兴。学校的教师队伍逐渐整齐，徐校务主任千方百计省出一些经费用来聘请好的教授，校内自由讲学开展学术研究气氛十分浓厚，各种课程除很少一部分有讲义外，多教课程则为教师讲课学生笔记。

1941年5月 22 日，阎锡山校长亲自为学生讲话，勉励同学们把握现实，克服困难，为求得抗战胜利、国家的复兴成功而努力学习，进而去谋求全人类的幸福。6月，学校又发生了周传儒率部分师生改省立为国立的风潮，省政府令徐士瑚将学校迁移宜川秋林，未随学校转移的有教师13人，学生178人。10月，在总务长王友兰率领下，学校一至三年级学生90余人，医科学生60余人，教师60余人，乘骡车分批离三原迁宜川秋林镇虎啸沟。

秋林镇有居民百余户，东距黄河渡口小船窝60里，由小船窝渡黄河北上5里，便是第二战区长官司令部与省政府所在地吉县克难坡。虎啸沟距秋林2里，是非常荒凉贫瘠的山沟，没有树木，不长庄稼，沟内有100余孔窑洞，除第一儿童教养院、山西省立科学馆占用30余孔外，其余皆归山大所有，这里还有少数的军队驻扎。山大的校部、教室、办公室、宿舍都是从盘旋的土坡上挖成的窑洞，在这里没有瓦房，没有街道，没有电灯，没有车马行的路，来来往往都凭两条腿，东西靠人肩挑背扛，骡马驮运粮食杂物，工学院实习要到很远的地方去。这里原名“火烧沟”， 阎锡山改名为“虎啸沟”。虎啸沟旁边是龙吟沟，两条沟都是紧靠秋林镇的两条山沟。龙吟沟口是黄河书店，销售进步书刊的地方。黄河书店旁是一座大礼堂，剧宣二队常在这里演出。这里虽交通不便，但清静和幽雅，是一个读书的好地方。奉阎锡山校长部署，全体学生到克难坡集训一个月。至年底，集训结束后，学生开始返回虎啸沟上课。学校新聘一批正副教授，他们是申祖训、薛耀庭、郝树侯、李经甫、陈超、田润霖、张克昌、张瑜、王正卿、张武成、康螽羽、杜千秋，聘侯锦绂经济系主任、刘锡光土木系主任。教育部所规定的课程随教师的齐备而基本上开齐了。