1942年1月，附设医学专修班普通科第一班31名、第二班21名学生毕业。秋林与第二战区驻地隔一条黄河，但离陕甘宁边区却很近，有民族革命通讯社、战地党政分会、郭沫若第三厅派出的战区抗战戏剧宣传队(剧宣二队)。山大从国统区搬到这二战区边缘，徐士瑚教务长以重建学校为由，拒绝了国民党、三青团以及阎锡山同志会各种势力的介入。这里出现了短时期的平静和较好的政治环境，经济系学生可以从图书馆借到《资本论》，历史系学生则从黄河书店读到范文澜的《中国通史简编》和延安出版的《解放日报》。文学院成立了“文学研究会”， 成员有吕文载、吴雅儒、张伟、傅志诚等，常邀请姚青苗、牛地、马皓、马延龄等开文艺座谈会，请马非百作历史学讲演，同学们偶尔也去剧宣二队聊天，吕文载曾写小诗记其事云：“依山傍水绕前川，一路争辩进神坛，座谈高歌诗朗诵，月下小声话延安。”7月，五年制医学专修科17人毕业。8月，在秋林镇招新生90余人，另招五年制医学专修科一个班14人。8月至12月间，虎啸沟儿童教养院发生了伤寒，山大教师李经甫、医科教授武建民与张子固、工学院教授康坤勋、法学院院长杨峻山先后被伤寒传染后病逝，师生谈伤寒而色变，外省籍教授马非百、邹曼之、王燕生、范云峰、沈晋、王之轩以及部分外省簿学生先后离校去了大后方。鉴于此，阎锡山校长召集教育厅长刘逢炎以及徐士瑚教务长等开会，决定迁校克难坡以避伤寒，并对人事进行了调整。

  1943年1月，学校利用寒假迁克难坡四新沟。省政府主席赵戴文用“志士不忘在沟壑，勇士不忘丧其元”的话勉励师生努力学习工作，为抗战服务。校刊编辑委员会组成，朱君哲为主任，委员有姚志轩、郑文华、侯锦绂、郝树侯等8人，并于1月 1日创刊。2月，新聘了谢济川、杨镇西、彭镜渊、张瑜、李维新、张养田等教员，恢复正常教学秩序并开始上课。4月，奉国民政府教育部令，改省立为国立，校长改为王怀明，徐士瑚仍为教务长主持校务。校部设校长办、教务处 (注册组、出版组、图书馆)、训导处 (生活管理组、课外活动组、体育卫生组)、总务处 (文书组、庶务组、出纳组)、会计室；文学院设历史学系、外国文学系、教育学系，法学院设法律学系，政治经济学系，工学院设土木工程学系、机电工程学系。新聘教员有康螽羽、田普霖、辜仁声 (教官)、杜文若、续世名、赵守封、李文采、何次堂、任友道、高风来、马文和、张志宗、李梅、赵景复、郑尚武、张华、张华威、李文泰、梁晋都，职员有胡多文、郭焕青、石玉翠、徐世谟、续永怀、李锡铭、常洛。6月，有文学院历史学系3人、外文学系3人，法学院法律学系2人、政治经济学系6人，工学院机电工程学系10人、土木工程学系1人，五年制医学专修科27人，共89人毕业。这一届因是阎锡山任校长的最后一届毕业生，阎亲自按三人一组接见，征求意见，并一起聚餐后合影留念。8月，在西安与克难坡招取新生120人，文学院历史学系11人、外文学系19人，法学院法律系14人、政治经济学系9人，工学院机电工程学系17人、土木工程学系13人，医学专修科47人。

 由于学习环境渐趋稳定，师资队伍渐渐充实，学校学习与学术气氛又呈现高涨趋势，师生组织了教学进步会、经济管理社、文艺研究社、国学研究会等，各院学生体育活动在聘请了张武成教授后，也渐活跃，各院组织起篮球排球队并与校外展开友谊比赛。

1944年有法学院法律学系3人、政治经济学系5人，工学院机电工程学系3人、土木工程学系4人，五年制医学专修科16人，共31名学生毕业。8月，招收文学院历史学系6人、外文学系7人，法学院法律学系10人、政治经济学系13人，工学院机电工程学系10人、土木工程学系11人，附设六年制医学专修科30人，共87名学生。

1945年，有法学院法律学系5人、政治经济学系5人，工学院土木工程学系2人，共12名学生毕业。8月，在秋林、西安招收文学院历史学系6人、外文学系7人、教育学系12人，法学院法律学系11人、政治经济学系9人，工学院机电工程学系18人、土木工程学系15人，附设六年制医学专修科25人，共103名学生。

1946年有法学院法律学系6人、政治经济学系8人，工学院机电工程学系6人，共20名学生毕业。1946年7月，奉部令，停办医学专修科，改为医学院。8月，在太原、北平招生165人 (包括先修班50人)，计文学院历史学系7人、外文学系11人、教育学系23人，法学院法律学系22人、政治经济学系10人，工学院机电工程学系19人、土木工程学系14人，医学院9人，附属医院护士班20人。

1947年有文学院历史学系5人，法学院法律学系3人、政治经济学系8人，工学院机电工程学系9人、土木工程学系11人，五年制医学专修科11人，共47名学生毕业。8月，在太原招文学院历史学系9人、外文学系17人、教育学系24人，法学院法律学系18人、政治经济学系17人，工学院机电工程学系19人、土木工程学系13人，医学院22人，共139名学生。

1948年有文学院历史学系6人、外文学系7人，法学院法律学系10人、政治经济学系13人，工学院机电工程学系10人、土木工程学系11人，共57名学生毕业。